如何交钱
正如前文所介绍，”航运公司“（或由船管公司代缴）需要向欧洲主管部门交纳碳配额（EUA）到指定的账户中，每排放一吨二氧化碳交纳一个碳配额（EUA）。目前欧盟碳配额
价格约为90欧元（约90美元）。这意味着当航运业碳排放100%纳入EU ETS后，航运公司每消耗1吨燃料，成本需要上升约300美金。
欧盟将根据成员国对所有航运公司进行划分。结合过去4年MRV系统收集的靠港情况，靠泊哪个国家港口最多，这家”航运公司“就由哪个国家监管。第一次来欧盟地区的船舶或航运公司，第一次靠的哪个国家港口，便由哪个国家进行监管。
单艘船未能在截止日期前交出配额可能会影响整个船队的合规性。未能交出配额的公司将被处以每吨二氧化碳 100 欧元的超额排放罚款，并且仍然有责任交出所需的配额。连续两个或更多期不遵守规定可能会导致该公司的所有船舶在欧盟地区被禁止贸易、航行。
碳配额（EUA）这一制度类似股票，可以在欧洲能源交易所 (EEX) 进行购买，也可以在二级市场进行
买卖流通。事实上，航运公司不必真正等到2025年9月30日才掏钱，可以在现在便进行财务准备，进行碳配额（EUA）期货的投资。
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