政府和市场的关系问题一直是经济学界争论的焦点。传统的微观经济学假定企业在业务发展上以利润最大化为目标，在一定的生产成本和销售价格的基础上确定最优产出，其决策变量中忽视了生态环境等因素，忽视了环境污染带来的负外部性，因此，企业追求经济效益的利润最大化目标与社会福利最大化目标之间存在偏离。而绿色金融将环境因素纳入到投融资决策中，在决策前充分评估业务的环境风险，利用专业的风险管控技术来管理包括环境风险在内的各类金融风险，从而将具有外部性的环境污染因素内部化。绿色金融提供的绿色产品和服务具有显著的正外部性，是典型的准公共品。也正是由于绿色金融需要综合考虑经济效益和社会效益，所以面临着市场机制无法解决的私人部门和公共部门之间利益难以统一的问题。
从追求经济利益最大化的企业角度来看，绿色产业投资对于企业通常存在非传统性和风险未知性，相比传统产业的利润低而风险大，因而仅依靠市场机制自发调整促使企业进入绿色产业往往会动力不足，必须加大政府部门的介入和引导才能打破弱势的利益平衡点。
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在世界经济发展史上，政府与市场之间何为主导的把握会因时因地而有所差异，对于绿色金融的健康发展，有必要厘清政府与市场之间的关系边界。发达国家与发展中国家绿色金融的发展途径存在显著不同，前者更多的是依靠市场机制及微观经济主体的主动性。例如，保险基金、养老基金、投资银行等机构投资者发挥投票权作用，对高能耗高污染的企业不予投资，从外部促使企业进行产业升级改造或节能减排等。而许多发展中国家由于市场机制不够健全，往往需要政府动用行政力量来推动绿色金融发展。中国绿色金融发展仍然处于起步阶段，在市场机制不完善的情形下，有必要采取政府力量加以干预，同时要注意平衡市场与政府之间的关系。因为过度依赖行政体制推动实际上是有缺陷的，这样会降低市场效率和扭曲市场价格机制，所以将来要在激励和引导市场微观经济主体的主观能动性上下功夫。为
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