CCER项目必须采用经国家主管部门备案的方法学。因此要开发一个CCER项目，必须先确定要采用的方法学。方法学是指适用于减少温室气体排放特定领域可适用的方法指南，用于确定项目基准线、论证额外性、计算减排量、制定监测计划等。
林业碳汇项目的方法学共5个，分别是：
《碳汇造林项目方法学》（AR- CM-001-V01），
《森林经营碳汇项目方法学》（AR-CM-003-V01），
《竹子造林碳汇项目方法学》（AR- CM-002-V01），
《竹林经营碳汇项目方法学》（AR- CM-005-V01），
《可持续草地管理温室气体减排计量与监测方法学》（AR-CM-004-V01）。
如果拟开发的项目没有适用的方法学，则可新开发方法学。对新开发的方法学，其开发者可向国家主管部门申请备案，并提交该方法学及所依托项目的设计文件。国家主管部门接到新方法学备案申请后，委托
专家进行技术评估，依据
专家评估意见对新开发方法学备案申请进行审查，并对具有合理性和可操作性、所依托项目设计文件内容完备、技术描述科学合理的新开发方法学予以备案。
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