2008～2012年，《京都议定书》确定的减排承诺期

在这个阶段里，欧盟吸取了第一阶段配额分配过松的教训，最终将EUAA的最大排放量控制在了每年20.98亿吨，对各个国家上报的排放额度仍是以免费分配为主。在这一阶段，开始引入排放配额有偿分配机制，即从配额总额中拿出一部分，以拍卖方式分配，排放实体根据需要到市场中参与竞拍，有偿购买这部分配额（例如，德国就拿出10%的排放配额进行拍卖）。同样，第二阶段里排放实体每年剩余的EUA可用于下一年度的交易，但也不能带入下一阶段。

从2013年开始的欧盟排放交易体系第三阶段据了解欧盟将会对第三阶段的交易机制进行大幅度改革，以避免内部市场失灵。同时还要扩大纳入排放体系的行业范围，强化价格信号作用以引导投资，创造新的减排空间，减少总的减排成本，提高系统效率。此外，以拍卖方式分配的配额比例将逐步提高。