以下为体系所涵盖的产业和温室气体，以测量、报告和核查精确度为高的排放气体为主：
二氧化碳（CO2）, 其来自
发电和供热
能源密集型行业，包括炼油厂、钢铁厂、以及生产铁、铝、其他金属、水泥、石灰、玻璃、陶瓷、纸浆、纸张、纸板、酸和大批量有机化学品的工业
商业航空
硝酸、己二酸、乙醛酸和乙二醛生产过程中所产生的一氧化二氮（N2O）
铝生产过程中所产生的全氟化碳（PFCs）
这些产业内的企业必须强制加入欧盟排放交易体系，不过
有些产业里的工厂需超过一定规模才可加入
一些小型设施也可以排除在外，如果其政府落实财政或其他措施以减少同等数量的排放
在航空业，2023年12月31日之前，欧盟排放交易体系将只适用于来往欧洲经济区 （EEA）内各机场的航班。
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