1 预留配额管理
考虑到交易期内会有新企业诞生，EU ETS三个阶段均将一定比例配额纳入各国配额储备库，用于对新进入企业配额的分配，这样一方面使得总量控制得到保证，确保了配额的稀缺性，另一方面也保证了新进入企业的发展权。欧盟成员国获得储备配额后（包括拍卖用配额和新进入者预留配额），通过各国主管部门统筹组织，开展相关的拍卖和分配行为，新进入者需要向所在国家的主管部门提出申请，经该国政府核查后方可领取免费的预备配额。当预留配额出现剩余时，各国的处理方式不尽相同：有16个成员国选择将剩余的预留配额投放到市场上进行拍卖；还有6个国家（包括德国、法国、西班牙等）由于持有较多的预留配额（剩余22%），被统一注销废除。
2 停业者配额管理
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欧盟委员会针对停业设施所得配额的处理方法是由政府没收停业设施原先分派的排放配额，各成员国的实施结果有所区别：瑞典和荷兰允许停业设施的排放配额拥有者至少可以保有配额到其交易期结束；德国提倡并被一些成员国采用的转让规则规定停业设施可以将配额转让给新进入者，但涉及的停业设施和新进入设施必须位于同一成员国内，这是因为德国存在工厂迁往东欧的客观情况，转让规则能为维持德国本土生产设施提供一定的激励。 本/文-内/容/来/自:中-国-碳-排-放-网-tan pai fang . com
3 折量拍卖
2014年2月25日，欧盟委员会在立法程序上通过了《欧盟排放交易体系拍卖条例修正案》（即“折量拍卖”，back-loading）的调整方式，2014年2月27日，EU ETS正式实施折量拍卖，利用政策调整降低配额过量对市场价格的影响。折量拍卖作为影响市场价格的短期工具，主要内容是由欧盟委员会将原定2014至2016年拍卖中近9亿吨配额推迟到2019至2020年进行拍卖，以期缩减2019年之前的市场配额流通量。据估计，超过半数的第三阶段配额将被推迟拍卖。
4灵活履约
根据欧盟链接指令（EU Linking Directive，2004）的规定，允许重点排放单位使用CDM项目产生的CER及JI项目产生的ERU进行履约，但是欧盟市场的各交易阶段对抵消信用额度的使用作出了不同的限制。第一阶段允许无限制使用CDM和JI履约。第二阶段和第三阶段对碳抵消项目的质量做出了限制，主要排除了土地和林业项目和核能项目的使用，并严格限制大型水电项目的使用。
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